Яков Дьяченко родился в 1817 году в дворянской семье в Полтавской губернии. В 1832 году поступил на военную службу. В 1857 году генерал-губернатором Восточной Сибири он был назначен заведующим четырьмя ротами 3-го Восточно-сибирского линейного батальона, находившимися на Амуре для устройства конных казаков.
31 мая 1858 года Яков Дьяченко возглавил высадку 13-го Сибирского линейного батальона на берегу Амура и строительство поста Хабаровка, который позднее превратился в город Хабаровск.
